Im Nimbus L&F können Farben für das ganze L&F sehr flexibel eingestellt werden — wenn man die Namen der UIProperties kennt:
Die Farbpalette für Nimbus L&F kann man bei JasperPotts einsehen: http://jasperpotts.com/blogfiles/nimbusdefaults/nimbus.html
Der zugehörige Blogpost: http://www.jasperpotts.com/blog/2008/08/nimbus-uimanager-uidefaults/
Diese Defaults kommen aus com.sun.java.swing.plaf.nimbus.NimbusDefaults#initializeDefaults(UIDefaults d).
Die zugehörigen Sourcen sind verfügbar, wenn man das JDK heruntergeladen hat.